Natura 2000 ist ein Netz aus Schutzgebieten, welches sich gemäß der entsprechenden EU-Richtlinie aus FFH (Fauna-Flora-Habitat)-Gebieten und Vogelschutzgebieten zusammensetzt.

INULA hat von 2006 bis 2020, also während der gesamten Phase der Erstellung von Managementplänen (MaP) für FFH-Gebiete, kontinuierlich federführend, also in der Rolle des Planerstellers, MaP für Natura-2000 Gebiete erstellt. Insgesamt handelt es sich um 15 MaPs. Viele dieser MaPs umfassen mehrere Natura 2000-Gebiete (FFH-Gebiete und Vogelschutzgebiete):

• Pflege- und Entwicklungsplan (Pilot-PEPL) für das FFH-Gebiet 8013-341 „Schauinsland“ mit Teilgebiet Schauinsland des SPA 8114-401 „Südschwarzwald„.
• Pflege- und Entwicklungsplan (Pilot-PEPL) für das FFH-Gebiet 8316-341 „Klettgaurücken“ (ARGE mit Büro Dr. Brinkmann).
• MaP für das FFH-Gebiet 7614-341 „Mittlerer Schwarzwald zwischen Gengenbach und Wolfach“.
• MaP für das FFH-Gebiet 7515-342 „Nördlicher Talschwarzwald bei Oppenau“ und das Vogelschutzgebiet 7415-441 „Nordschwarzwald“, Teilgebiet „NSG Eckenfels“.
• MaP für das FFH-Gebiet 8416-341 „Hochrhein östlich Waldshut“ (ARGE mit Büro Dr. Brinkmann).
• MaP für das FFH-Gebiet 8317-341 „Wälder, Wiesen und Feuchtgebiete bei Jestetten“ (ARGE mit Büro Dr. Brinkmann).
• MaP für das FFH-Gebiet 7413-341 „Östliches Hanauer Land“ und die Vogelschutzgebiete 7313-441 „Rech-Niederung“, 7313-442 „Korker Wald“ und 7413-441 „Kammbach-Niederung“ (ARGE mit Bioplan Bühl).
• MaP für das FFH-Gebiet 8413-341 „Murg zum Hochrhein“.
• MaP für das FFH-Gebiet 7911-342 „Rheinniederung von Breisach bis Sasbach“ und das Vogelschutzgebiet 7911-401 „Rheinniederung Breisach-Sasbach mit Limberg“.
• MaP für das FFH-Gebiet 8115-342 „Löffinger Muschelkalkhochland“ inkl. Arten der Vogelschutzrichtlinie im Überlappungsbereich FFH/SPA sowie den im Verbund vorkommenden §32-Nasswiesen“ (ARGE mit ABL Freiburg).
• MaP für das FFH-Gebiet 7817-341 „Eschachtal“.
• MaP für das FFH-Gebiet 8222-342 „Rotachtal Bodensee„.
• MaP für das FFH-Gebiet 7712-341 „Taubergießen, Elz und Ettenbach“ und die Vogelschutzgebiete 7712-403 „Johanniterwald“, 7712-402 „Elzniederung zwischen Kenzingen und Rust“ und 7712-401 „Rheinniederung Sasbach – Wittenweier“.
• MaP für das FFH-Gebiet 8111-341 „Markgräfler Rheinebene von Neuenburg bis Breisach“ mit den Vogelschutzgebieten 8011-441 „Bremgarten“ und 8011-401 „Rheinniederung Neuenburg – Breisach“.
• MaP für das FFH-Gebiet 8114-341 „Hochschwarzwald um Hinterzarten“.

An zahlreichen weiteren MaPs waren und sind wir durch die Erfassung von Lebensräumen (LRT) und Lebensstätten (LSA) verschiedener Arten sowie durch die Erstellung von LUBW-Artmodulen (für mehrere FFH-Libellenarten) beteiligt.